Thông báo từ Kaito Kid đã được gửi tới phòng chứa đồ của Axie Zaibatsu ở Hakodate, Hokkaidō. Mục tiêu của Kid lần này là một thanh kiếm Nhật gắn liền với Toshizō Hijikata, phó chỉ huy của Shinsengumi sống vào cuối thời Edo. Tại sao Kid, người đang theo đuổi Big Jewel, lại nhắm đến thanh kiếm...? Trong khi đó, [[Hattori] Heiji], một thám tử đến từ phương Tây, cùng Conan và những người bạn của anh cũng đang đến thăm Hakodate để tham gia một giải đấu kiếm đạo, và vào ngày nhận được thông báo tội phạm, Heiji đã nhìn thấu lớp ngụy trang của Kid và dồn cậu ta vào góc tường...!? Cùng lúc đó, một thi thể có vết cắt hình chữ thập trên ngực được tìm thấy ở khu nhà kho Hakodate. Cuộc điều tra phát hiện ra một người đàn ông người Mỹ gốc Nhật được mệnh danh là "Thương gia tử thần", người hoạt động buôn bán vũ khí khắp châu Á. Anh ta đang tìm kiếm một kho báu được cho là đã được cất giấu ở đâu đó tại Hakodate bởi người đứng đầu đầu tiên của gia tộc Akie, người có liên quan sâu sắc đến ngành quân sự trong chiến tranh. Cũng có tin đồn rằng nó là loại vũ khí mạnh đến mức có thể thay đổi hoàn toàn cục diện cuộc chiến, tưởng chừng như Nhật Bản sẽ bị đánh bại vào thời điểm đó. Dường như có mối liên hệ nào đó giữa kho báu và thanh kiếm mà Kid đang nhắm tới, và khi Kid nhắm đến thanh kiếm thì bóng đen của một "kiếm sĩ" bí ẩn lại gần...